違反第四十七條第二項規定，未經中央農業主管機關同意，將適用野生動物保育法規定之保育類野生動物或其產製品流出示範區者，處六月以上五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰金。查獲之保育類野生動物或其產製品，不問屬何人所有均得沒收之。
第一類示範事業未依第三十六條第一項規定向海關辦理通關，而運入或運出貨物者，由海關處貨價一倍至三倍之罰鍰，併沒入貨物。
第一類示範事業依第三十六條第一項規定向海關辦理通關，有不實情事者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，或沒入或併沒入貨物。但於貨物放行前或放行之翌日起六月內因申報錯誤申請更正報單，而其申請更正時尚未經海關核定應驗貨物、發現不符、接獲走私密報或通知事後稽核者，免罰。
前二項貨物不問屬何人所有，均得沒入。
第一類示範事業或受託廠商未依第三十七條第一項規定設置電子帳冊或電子帳冊記載不實，或違反第四十六條第一項規定，拒絕、規避或妨礙海關查核者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；經處罰三次仍未改正者，海關得停止第一類示範事業六個月以下進儲未稅貨物業務，或由管理機關停止其六個月以下委(受)託業務；情節重大者，得廢止第一類示範事業之許可。
第一類示範事業違反第三十六條第六項所定辦法有關貨物通關、帳務處理及貨物控管相關規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰並命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；經處罰三次仍未改正者，海關得停止其六個月以下進儲未稅貨物業務，或由管理機關停止其六個月以下委(受)託業務；情節重大者，得廢止第一類示範事業之許可。
第一類示範事業輸入第四十二條第一項第二款之貨物，未依第四十三條規定期限復運回示範區或出口者，管理機關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；經處罰後仍未改正者，得沒入貨物，並得停止其六個月以下委託業務，情節重大者，得廢止第一類示範事業之許可。
第一類示範事業未依第四十四條規定向海關或所在地稅捐稽徵機關辦理申報者，除補繳稅費外，由該管應受理機關處應補稅額一倍以下之罰鍰，並得由海關停止其六個月以下進儲未稅貨物業務；情節重大者，得由管理機關廢止第一類示範事業之許可。
前項之罰鍰金額不得低於新臺幣三萬元。
違反第四十七條第二項規定，棄養野生動物或未妥善管理，致使野生動物或其產製品逸失者，由管理機關處新臺幣五萬元以上二十五萬元以下罰鍰；其致有破壞生態系之虞者，處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰。
違反第四十七條第二項規定，未經中央農業主管機關之同意，將一般類野生動物或其產製品流出示範區者，由管理機關處新臺幣一萬元以上五萬元以下罰鍰。查獲之野生動物或其產製品，不問屬何人所有均得沒入之。
本國醫師違反第五十一條規定，至國際醫療機構執行業務者，由直轄市或縣(市)政府處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並令限期改正；屆期未改正者，按次處罰。
本國醫師違反第五十一條但書所定時段數限制者，由直轄市或縣(市)政府處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並令限期改正；屆期未改正者，按次處罰。
違反第五十三條第一項規定，未依規定繳納特許費者，由中央衛生福利主管機關處原應繳金額三倍至五倍罰鍰，並令其限期繳納；屆期未繳納者，得廢止其國際醫療機構之開業執照。
違反第五十八條第一項及第二項規定，中央目的事業主管機關得處新臺幣六十萬元以上三百萬元以下罰鍰及停止其設立或投資權利，並得限期命其停止或撤回投資；屆期未改正者，按次處罰。
違反第五十八條第三項至第五項規定者，中央目的事業主管機關得處新臺幣十二萬元以上六十萬元以下罰鍰，並限期命其改正；屆期未改正者，按次處罰，並得視情節輕重命其停止或撤回投資。
法人建築師事務所違反第五十九條第一項及第三項規定，或其股東受有建築師法之懲戒處分者，應予法人建築師事務所警告、申誡或停業之處分，其懲戒程序準用建築師法懲戒相關規定。但該法人建築師事務所對股東執行業務已盡監督管理之責者，不予懲戒。
外國建築師或外國建築師事務所違反第五十九條第二項規定者，中央主管建築機關得處新臺幣六十萬元以上三百萬元以下罰鍰及停止其參與投資或設立權利，並得限期命其停止或撤回投資；屆期未改正者，按次處罰。
法人建築師事務所未依第五十九條第四項規定投保專業責任保險者，應令其限期改正；屆期未改正者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得按次處罰。
法人建築師事務所允諾他人假借其名義執行業務者，應廢止其設立登記。
本條例自公布日施行，施行期間十年。