自由經濟示範區特別條例中，關於國內大學和國外大學合作辦學開設分校或學院，不但大開法令方便之門，鬆綁現行私立學校法、大學法、教育人員任用條例等相關法令規定，讓這類分校、院的管理、人員聘用、招生機制等可不受現行法令規範，甚至授予校方自訂管理辦法的權力。
另外，對於大學是否有申請合作辦學的資格、設立學校或學院後的管理、招生、聘用教職員等辦法由教育部擬定。由於目前仍未看到教育部擬訂出任何法規草案或配套措施，因而衍生「空白授權」的爭議，引發這類空白法案屆時將專為這類教育事業量身打造，進而擠壓國內教育資源、加劇教育市場化的疑慮。