「台灣高等教育產業工會」質疑,自經區「教育創新」相關設計並未是建立在對台灣高教現況的了解下所制定,甚至是進一步在破壞「教育公共性」。
自經區對「教育公共性」造成的破壞疑慮包含以下問題:
在國立大學和外國大學合作設立的教育單位中,行政主管可彈性聘雇,若被解聘或不續聘不需要經過校務會議「三級三審」。
另外,有關「教育創新」的自經區條例也明定,自經區學校的教師、教職員聘用,以及校長遴選,可不受現行教育法規的限制。
依自經區學校以符合全球化教育市場為目標的設定,高等教育從業者的勞動條件可能更加朝「彈性化」、「派遣化」的走向發展。
自經區為了「尊重國外學校現況」,幾乎將所有國內為高等教育設下的規範移除,包括可自由處理營收、販賣土地不動產,也包括不要求學校設立校務會議、也不需要進行校長遴選。這些大學,既不需要受到母國法令約束,亦不需要受到我國法令約束。這將有學校被商業利益宰制成為證照學店的疑慮,他們不以為公共服務為目的,而對高教體制、社會與產業體制造成衝擊。
亦即,一切公共監理的設計都在自經區中被移除。教育部卻並未給出明確評估和規範,甚至以「修法太花時間」為由,進行便宜修法。