自經區或是加工出口區不同於台灣一般工業區。
由於它涉及特殊的關稅減免政策（見「3. 外勞開放、財稅面」），類似於租界概念。在自經區中，關務的最大改變政策，在於關務便捷化，它的特色在於：
第一類示範事業除經營特定行業者外，進儲或購買下列貨物或勞務，適用本章規定：
前項特定行業，由財政部會商主管機關公告之。
第一類示範事業進出示範區之貨物有下列情事之一者，依關稅法及其他法令規定向海關辦理通關，並以電腦連線或電子資料傳輸方式為之：
依前項第二款至第四款辦理通關之貨物，得經海關核准以按月彙報方式辦理。
自由貿易港區、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區等既有保稅區內之事業，申請成為第一類示範事業者，得依原有保稅區及本條例之規定辦理貨物通關。
前項事業依本條例辦理通關，應符合下列規定：
前項第二款管制性貨物之範圍，由主管機關會商中央目的事業主管機關後公告之。
第一類示範事業有關貨物之通關、運送、按月彙報、加工、製造、委(受)託加工、檢驗、測試、修理、盤點、申報補繳稅費、帳務處理、貨物控管及其他相關事項之辦法，由財政部會同主管機關定之。
第一類示範事業及受託廠商依本條例辦理通關之貨物應設置電子帳冊，並與海關電腦連線，辦理貨物進儲、移動、領料、用料、委(受)託業務及其他帳務處理事項，供海關遠端稽核。
前項電子帳冊之設置、格式、內容、適用範圍、對象、遠端稽核及其他相關事項之辦法，由財政部會商主管機關定之。
經許可為第一類示範事業自國外輸入示範區內供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。
第一類示範事業之未稅貨物輸往課稅區時，應依進口貨物相關規定，課徵前項稅費。但依第四十三條規定輸往課稅區，且復運回第一類示範事業者，不在此限。
前項未稅貨物於示範區經加工、檢驗、測試、修理後輸往課稅區者，按出區時形態之價格，扣除示範區內附加價值後核估關稅完稅價格。
第一類示範事業與保稅區、自由貿易港區事業間各項貨物之移動，應依保稅區及自由貿易港區相關規定徵免稅費。
第一類示範事業銷售勞務與課稅區營業人，應依法課徵營業稅。
經許可為第一類示範事業自課稅區運入示範區供營運貨物及自用機器、設備，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅。
第一類示範事業自課稅區運入示範區已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自輸入之翌日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。
前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，復運回課稅區時，應按原減徵、免徵或退稅額補徵。
下列貨物或勞務之營業稅稅率為零：
第一類示範事業或國外事業、機關、團體、組織在示範區內銷售與該示範區第一類示範事業、其他示範區之第一類示範事業、國外客戶、自由貿易港區事業或保稅區事業供營運之貨物或勞務，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入自由貿易港區事業、保稅倉庫、物流中心以供外銷之貨物，其營業稅稅率為零。
課稅區營業人接受第一類示範事業或外國事業、機關、團體、組織委託，就第一類示範事業輸入之貨物、機器及設備提供委託加工、檢驗、測試、修理之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回第一類示範事業者，其營業稅稅率為零。
下列貨物除經主管機關會商中央目的事業主管機關後公告對國家安全、國民健康或國際承諾有重大不良影響者外，得免申請簽證或核准，不受其他法律或其法規命令有關輸出入規定之限制：
貨物之通關、簽證或核准機關，提供夜間及假日申辦通關、簽證或核准服務。
第一類示範事業符合下列條件之一者，得輸入臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十五條第三項規定未准許輸入之大陸地區物品：
前項物品除經管理機關核准辦理報廢或經加工成為依法得准許輸入之物品，得輸往課稅區或保稅區外，應依第四十三條規定期限內復運回示範區或全數外銷。
第一類示範事業辦理委託作業者，應向管理機關申請核准，並向海關辦理通關，得免提供稅款擔保，自運出之翌日起六個月內復運回示範區辦理結案。但經管理機關核准者得不運回，逕行報關出口。
前項貨物如須延長運回之期限，應於復運期限屆滿前向管理機關申請展延；展延期間不得超過六個月，並以一次為限。但情形特殊經管理機關之中央各該主管機關核准者，不在此限。
第一類示範事業辦理受託業務者，應向管理機關申請核准，其復運回課稅區時，應就添加之未稅或保稅貨物課徵關稅及相關稅費。
第一類示範事業有下列情事之一者，應於事實發生之翌日起三十日內向海關申報補繳稅費：
第一類示範事業依第四十條第一項第四款規定購買與營運相關之勞務變更為非供營運目的使用者，應向所在地稅捐稽徵機關申報補繳營業稅。
第一項第二款自用機器、設備，海關應按變更用途時之價格及稅率，補徵稅費。
第一類示範事業應每年辦理存貨盤點，並於盤點結束之翌日起七日內將盤存清冊送海關備查；並應於盤點結束之翌日起二個月內編製結算報告表送海關備查，必要時，得於期限內申請展延一個月。
依第四十三條規定運出之未稅貨物，應全部運回盤點。但經海關核准者，得於受託廠商處所辦理盤點。
前二項盤點之貨物，如多於帳面結存數量，應於帳冊補登數量；少於帳面結存數量，應向海關申報補繳稅費。
第一類示範事業經管理機關核准結束營業、廢止許可者，其有關自用機器、設備及餘存之未稅貨物應辦理盤點。經盤點結算如有短少，應補徵短少部分之稅費。未依規定辦理結束盤點，海關得逕依帳面結存數補徵稅費。
貨物經盤點短少應補徵之稅費，經依關稅法第十一條規定提供稅費擔保或保證金後，餘存之貨物得辦理轉儲或復運出口。
海關得對本條例應辦理事項實施實地查核，並得查閱相關報表及憑證，第一類示範事業及受託廠商不得拒絕、規避或妨礙；必要時，得會同管理機關或所在地稅捐稽徵機關辦理。
其實地查核之範圍、方式、選案標準、抽核比率及其他事項之辦法，由財政部會商主管機關定之。
海關得對第一類示範事業及受託廠商，就通關、盤點、查核及其他管理事項採取分級管理措施。其分級管理標準、方式、各級管理措施及其他事項之辦法，由財政部會商主管機關定之。
第一類示範事業因營運所需之野生動物或其產製品，其輸入、輸出、飼養、繁殖、陳列、展示及買賣，由管理機關審查同意之；且不受野生動物保育法第二十四條第二項申請資格與利用之限制。
所有人對前項野生動物或其產製品應妥為管理，不得棄養或逸失；非經中央農業主管機關之同意，不得流出示範區。管理機關及中央各該主管機關應定期稽核所有人之管理情形。
第一類示範事業為因應農業原料生產之需要，得於示範區外設置衛星農場。 衛星農場指提供第一類示範事業生產原料來源之農場。