三月6日開始，自經區草案在國發會的提案下進入立法院經濟委員會，黃昭順召委便立刻進行實質審查。但在審查時，卻發現國發會並沒有準備好「法規影響評估報告」。
一個禮拜後，三月17日，匆忙趕工後補提出的法規影響評估報告，卻因缺乏數據和負面影響評估被立委批評為「不及格」、「寫作文」。勞動部的法規影響評估甚至只有五頁。
於是，自經區進行了五場的公聽會，在公聽會後，國發會主委管中閔承諾要修改包括農產品內銷、土地徵收在內的法條內容。
但是在4月28日立法院委員會時，卻發現國發會並沒有更改任何法案，造成立院空轉一天。
這樣的做法，由於是由行政權主導民意代表的作為，造成了行政越權問題。由於立委們「突襲法案」的各種前科，造成民間不必要的焦慮，在野黨對此的不滿以及對主席的不信任，增加了立法院議事的成本以及實質空轉問題。
這現象在政府各部會行事中屢見不鮮。國發會提出修改法條建議才是各部會中少見的案例。
管中閔表示：為了省時間，他們希望是由國民黨團來提修正案，而不要重新提案。向黨團提出建議、不讓他們通過原先版本的自經區草案，是他的承諾，將來會負起政治責任、不會推給立法院。