自經區可自行設置基金，應以自償性「為原則」。所謂自償性基金，理論上應是自償率達100％，實務上至少要能自償50％以上，才能稱為自償性基金。但是自經區中的「自償性原則」並沒有法條規範。
目前，中華民國也有許多「自償性」基金，但是由於以「基金」名義舉債可不受中央設下的債務限制，經常被用以借錢（和賠錢）。
現行政府附屬單位基金與特種基金林立、凌亂已經成為問題，監察院曾提出報告要求整併，自經區法案反而背道而馳。
另外，雖然自經區管理機關可向區內事業收管理費、服務費等費用，也規定自經區可以將此款項作為基金收入來源，卻沒有規定所有這類款項都應納入成為自經區基金，因而產生一個財政漏洞，使得將來自經區的管理費、服務費可能無法專款專用，製造出一個「錢坑」。