當自經區開放後，全世界有農業生產的國家中，將只有台灣採取完全開放且是零關稅的農產品。自經區的政策，將使在WTO所爭取到的農業保護政策付之一炬。
以花生醬為例，花生是管制性商品。一般業者因高額的「配額關稅」的關係，傾向不去進口國外花生，因此目前國內生產的花生醬，主要都是使用台灣本土花生。但若開放自經區後，花生進口解禁且零關稅，成本便遠低區外業者。
就前店後廠的政策，零關稅農物料可在自經區內簡易加工，再送至自經區外的工廠深度加工。由於我國大部份產出花生都用於加工，當這些花生能被外國花生取代，便會影響到花生農民的生計，便無法對花生農進行保護。
又因為關務、前店後廠在實際上造成的控管困難，我們甚至無法管制會不會有花生直接流入台灣市面，對農產品市場造成更大的衝擊。譬如，我們並不知道每間加工廠的配方，因此不知道究竟多少花生換成多少花生醬是合理的，這樣又如何知道有沒有花生流入市面？
又， §48 的規定，將等於迫使小農進行企業化，使得弱勢農民的生存直接被迫受到影響。