雖然說明寫說「是為了引進觀賞魚」，但是卻在自經區條例中卻排除「野生動物保育法§24-2」規定為可以引進「野生動物」，引起許多專家的質疑。特別是，台灣會成為第一個開放野生動物買賣的先進國家，不只違反華盛頓公約(CITES)的規定，更違背加入TPP的基本責任。
國發會已經承認這方面的問題，並且答應會將相關條文刪除，但為了節省時間，國發會並未提出新條文，而是提出建議書，希望透過立法院進行條文的修正。這部分依然需要關注。
但是事實上，即使變更成「只開放觀賞魚」依然會違反《華盛頓公約》，因為有些觀賞魚依然是瀕臨絕種物種，應該保留「野生動物保育法」的相關規定。