在第六條草案中，將各種核准證明、勞工行政、環境評估、環境維護、環保審查等權責都規劃給管理機關，並且在各種法規鬆綁背後，都注明「由主管機關訂定」，這些總總可能涉及人民權益、權利分配等的法規事項，完全不需要經過立法民意機關審查，就連規範都並未交給民意機關進行立法授權，形成「空白授權」疑慮。
例如，在勞動方面，於「§ 6」中，明定管理機關在「勞工行政」方面的權責，將造成勞工管理「多頭馬車」的疑慮。特別是在國內原先就已經因「多頭馬車」而難以進行管理的勞檢與安全衛生管制權。
而在開放項目上，自經區並沒有產業行業與行業別限制，只有區域限制，也並未給出一個明確的產業政策發展方向；在申設單位上，則包含了科技部、經濟部、農委會、地方政府等跨部會、地方/中央的行政機關，空白授權問題將進一步成為產業政策多重指揮問題。